Für Arztordinationen mit Hausapotheken gilt umsatzsteuerlich, dass der Verkauf von Medikamenten nicht als ärztliche Tätigkeit anzusehen ist und somit umsatzsteuerpflichtig ist (10% Steuersatz). Die Befreiung aufgrund der Kleinunternehmerregelung (Umsätze max. 30.000 €) findet regelmäßig keine Anwendung, da diesbezüglich auch die (unecht) steuerbefreiten Umsätze der Ordination miteinbezogen werden müssen. Die Umsatzsteuer ist monatlich an das Finanzamt abzuführen, wobei die Vorsteuern aus dem Einkauf der Medikamente abgezogen werden können. Ein Vorsteuerabzug steht auch für Einrichtungsgegenstände zu, die unmittelbar mit der Hausapotheke im Zusammenhang stehen (Kästen, Regale zur Medikamentverwahrung). Bei Wirtschaftsgütern ohne exakte Zuordenbarkeit sind die Vorsteuern nach Maßgabe ihrer wirtschaftlich zutreffenden Zurechenbarkeit aufzuteilen. Anstelle der exakten Aufteilung kann der Unternehmer aus Vereinfachungsgründen die Vorsteuern auch im Verhältnis der unecht befreiten Umsätze zu den übrigen Umsätzen aufteilen, sofern dies nicht zu einem ungerechtfertigten Steuervorteil führt.

Der VwGH hatte nun folgenden Fall zu entscheiden (GZ 2007/15/0289 vom 23.2.2010): ein praktischer Arzt mit Hausapotheke errichtete ein Ordinationsgebäude und machte die Vorsteuern anteilig im Verhältnis des Umsatzschlüssels geltend. Daraus ergab sich ein Vorsteuerabzug von 50%. Die Betriebsprüfung ermittelte den Vorsteuerschlüssel flächenmäßig (direkte Apothekenfläche 4,1% und die Hälfte der Fläche des Empfangsraums) und kam zu einem umgerechneten Vorsteuerabzug von knapp 11,9%.

Der VwGH bestätigte nun, dass jede Aufteilungsmethode gewählt werden kann, welche im Einzelfall eine wirtschaftlich zutreffende Zuordnung ermöglicht. Entscheidend sei ein möglichst sachgerechtes Ergebnis. Da im vorliegenden Fall die Vorsteuern ausschließlich aus der Herstellung eines Gebäudes resultierten, schien dem VwGH eine flächenmäßige Aufteilung als grundsätzlich sachgerecht und durch das Gesetz gedeckt. Folglich wie er die Beschwerde ab. Die Aufteilung nach dem Umsatzschlüssel würde zu einem Ergebnis führen, welches mit der sachgerechten flächenmäßigen Aufteilung in erheblichem Widerspruch steht und somit einen ungerechtfertigten Steuervorteil begründen würde.

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